En la selva misionera, la pérdida de bosque nativo pone en riesgo a especies como el yaguareté, el puma y el ocelote y otros mamíferos como el tapir, monos, corzuelas, dos especies de pecaríes y el coatí. El bosque nativo se compone allí de Pino Paraná, palo rosa, lapacho negro, guatambú y anchico. Todas especies amenazadas.
En la selva de Yungas ( monte tucumano-boliviano) también el yaguareté resiste a la amenaza de las topadoras, junto al tapir, el guacamayo verde, el loro alisero y el pato criollo. En cuanto a la flora nativa son propias de la región el cedro, el viraró, los alisos, el cebil, el horco-cebil, el vinal y el lapacho.
En el Parque chaqueño (el más castigado por la deforestación, según el informe oficial) están amenazados el yaguareté, el tatú carreta, el aguará guazú, el ciervo de los pantanos, el lobito del río y el chancho quimilero y las especies típicas del bosque nativo: quebracho colorado, quebracho santiagueño, quebracho blanco, algarrobos y guayacán.
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